总公司开具发票后，借；现金或者银行存款等科目，贷；主营业务收入，应交税费-应交增值税-销项。分公司把产品再卖给总公司时，借；其他应收款-总公司，贷：主营业务收入，应交税费-应交增值税-销项。结转成本时，借；主营业务成本，贷：库存商品。总公司根据分公司开具的发票，借；库存商品，应交税费-应交增值税-进项，贷：其他应付款-分公司。再结转成本，借；主营业务成本，贷：库存商品。
分公司如果给总公司提供了劳务或者销售了货物发生了真实业务可以给总公司开票。
分公司是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构，在法律上、经济上没有独立性，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
分公司利润亏损总公司做账：借：银行存款；贷：其他应付款-总公司只能这样挂账，一直到分公司还款冲掉其他应付款为止。
亏损总额是“利润总额”的对称。企业一定时期的销售收入及其他收入不足以弥补其销售成本及其他支出的差额。由于我国销售税金不是按盈利计征，而是按营业总额计征，企业可能在销售过程中就发生了亏损。因此亏损总额为销售亏损与营业外净支出(营业外支出扣减营业外收入)之和。企业的亏损可分为经营性亏损与政策性亏损两种类型。由于企业经营管理不善造成的亏损，属于经营性亏损。对经营性亏损，国家不予弥补。
总公司与分公司之间的借款往来计入到内部往来科目。内部往来是指总部与分支机构之间的往来交易。是企业与内部所属各个独立核算的单位之间，或各内部独立核算单位彼此之间，由于工程价款结算、产品、作业和材料销售、提供劳务等作业所发生的各种应收、应付、暂付、暂收的往来款项。
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