1、含义不同：
公共租赁住房是指由国家提供政策支持，各种社会主体通过新建或者其他方式筹集房源、专门面向中低收入群体出租的保障性住房，是一个国家住房保障体系的重要组成部分。
共有产权房是地方政府让渡部分土地出让收益，然后低价配售给符合条件的保障对象家庭所建的房屋。保障对象与地方政府签订合同，约定双方的产权份额以及保障房将来上市交易的条件和所得价款的分配份额。
2、产权归属不同：
公共租赁住房不是归个人所有，而是由政府或公共机构所有，用低于市场价或者承租者承受起的价格，向新就业职工出租，包括一些新的大学毕业生，还有些从外地迁移到城市工作的群体。
而共有产权房在中低收入住房困难家庭购房时，按个人与政府的出资比例，共同拥有房屋产权，房屋产权可由政府和市民平分。
3、交易限制不同：
公租房只能租，不能买卖。共有产权房满五年的话，是可以出租的，同时也可以进行买卖交易。产权人可以转让、出租、抵押等方式。
共有产权房是要求个税的，个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。共有产权房在出售时，个税按照各人持有比例，分别单独申报缴纳。
对出售自有住房并拟在现住房出售后1年内按市场价重新购房的纳税人，其出售现住房所应缴纳的个人所得税，视其重新购房的价值可全部或部分予以免税。购房金额大于或等于原住房销售额（原住房为已购公有住房的，原住房销售额应扣除已按规定向财政或原产权单位缴纳的所得收益）的，全部免税；购房金额小于原住房销售额的，按照购房金额占原住房销售额的比例部分免税。对个人转让自用5年以上、并且是家庭唯一生活用房取得的所得，继续免征个人所得税。
共有产权房怎么买
1、申请人在网上申购
在北京，共有产权住房实行网上申购制度。如果大家想要申请共有产权住房需要关注所在区的住房和城乡建设委员会官方网站，在项目开通网上申购期间在线填写《家庭购房申请表》和《承诺书》，并按规定提供相关证明材料。
2、获取申请编码
通常来说，在申购期结束20个工作日内，相关部门会对申请家庭的购房资格进行审核，如果是可以通过的话，那么申请人就会获得申请编码。申请家庭可在官方网站查询资格审核结果，也可对结果申请复核。
3、摇号配售
区住房和城乡建设委员会监督指导开发建设单位进行摇号配售，先按照优先次序分组，确定摇号家庭名单，摇号中选的家庭按照摇号确定的顺序选房，若有放弃的家庭，则由之后的家庭依次递补。
4、复核并签订购房合同
开发建设单位在选房现场对申请家庭的材料进行核对，符合条件的申请家庭签字确认《家庭购房申请表》和《承诺书》，报由区住房城乡建设委(房管局)复核通过之后，便可签订购房合同。
上海有共有产权房，共有产权住房，即政府与购房者共同承担住房建设资金，分配时在合同中明确共有双方的资金数额及将来退出过程中所承担的权利义务;退出时由政府回购，购房者只能获得自己资产数额部分的变现，从而实现保障住房的封闭运行。
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