1、“抵扣勾选”：是对用于办理进项抵扣用途的发票进行勾选确认与统计签名。
2、“退税勾选”：本功能仅外贸企业、外综服企业具有该功能权限。是对用于办理出口退税的进项发票进行勾选确认。 退税勾选和抵扣勾选只能二选一，系统会自动监控，如果一张发票进行了退税勾选，那就无法在抵扣界面查询到。
退税发票勾成了抵扣不能修改。应当先将已经认证抵扣的发票申请红字发票信息表，把红字发票信息表交由对方单位开具负数发票，自己单位根据红字发票信息表做进项税额转出，然后对方重新开具发票进行退税抵扣。
退税勾选后一般二十四小时后就可以申报退税。
退税勾选
本功能仅外贸企业、外综服企业具有该功能权限。主要提供按照开票日期查询和逐票勾选（支持同时勾选多份发票）的操作方式，实现纳税人选择可退税的增值税进项发票清单信息（包括增值税专用发票）的功能。
退税批量勾选
退税批量勾选功能模块仅外贸企业、外综服企业具有该功能权限。是针对发票数据量较大、逐票勾选模式不太适用的状况给纳税人提供的一项优化服务。通过文件导入的形式实现退税批量勾选，达到提高退税勾选效率、降低勾选工作量的目的。
退税确认勾选
退税确认勾选功能目前适用于增值税专用发票，仅外贸企业、外综服企业具有退税确认勾选功能权限。此功能模块是对当期已勾选为退税的发票信息进行确认操作，纳税人可在每个自然月所属期对当期勾选的发票进行多次确认。
1、退税确认勾选后不能撤销。
2、撤销退税勾选后才能进行抵扣。
退税统计
该功能主要向用户提供可用于申报退税的发票汇总统计表，仅外贸企业、外综服企业具有退税统计功能权限。本统计表（包括异常发票统计表）指定属期内所有勾选认证（即勾选确认）的退税发票。
出口退税发票可以跨年勾选，需要注意的是，商贸类的企业不同年度出口业务的退税应分别进行申报，不能把不同年度出口的退税放在一个所属期内，如果在跨年度申报上年出口的业务时，不是一次性申报完的，则应该进行分批申报。
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