总公司与分公司之间的借款往来计入到内部往来科目。内部往来是指总部与分支机构之间的往来交易。是企业与内部所属各个独立核算的单位之间，或各内部独立核算单位彼此之间，由于工程价款结算、产品、作业和材料销售、提供劳务等作业所发生的各种应收、应付、暂付、暂收的往来款项。
总公司和分公司可以独立核算的，双方独自核算即可。 独立核算单位一般应同时具备以下条件：
(1)、具有法人地位的经济单位；
(2)、有完整的会计工作组织体系；
(3)、独立编制财务收支计划和资金平衡表，自行计算盈亏。
资金往来时：
借：其他应收款-分公司，
贷：银行存款 。
分公司收到资金的时候：
借：银行存款，
贷：其他应付款-总公司。
计提工资、社保费用：
借：管理费用、销售费用，
贷：应付工薪酬。
支付社保：
借：应付工薪酬/其他应收款，
贷：银行存款/其他应收款。
支付工资：
借：应付工薪酬，
贷：银行存款/其他应收款。
总公司拨款时，借：其他应收款，贷：银行存款。分公司收到拨款，借：银行存款，贷：其他应收款。
分公司收到总公司拨款会计分录
①收到公司备用金时，借：现金-备用金，贷：其他应付款-总公司。
②支付费用时，借：相关费用，贷：现金-备用金。
③月末寄费用到总公司，借：其他应付款-总公司，贷：相关费用。
如果不是所有的费用都要邮寄给总公司，有一部分是留在分公司做账用的话，同时做下面的账务处理：
收到公司备用金时：
月末寄费用到总公司，借：其他应付款-总公司贷:相关费用。
同时做费用预知，借：现金-备用金贷:其他应付款-总公司。
分公司利润亏损总公司做账：借：银行存款；贷：其他应付款-总公司只能这样挂账，一直到分公司还款冲掉其他应付款为止。
亏损总额是“利润总额”的对称。企业一定时期的销售收入及其他收入不足以弥补其销售成本及其他支出的差额。由于我国销售税金不是按盈利计征，而是按营业总额计征，企业可能在销售过程中就发生了亏损。因此亏损总额为销售亏损与营业外净支出(营业外支出扣减营业外收入)之和。企业的亏损可分为经营性亏损与政策性亏损两种类型。由于企业经营管理不善造成的亏损，属于经营性亏损。对经营性亏损，国家不予弥补。
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