总公司代替分公司发放员工工资时,由分公司自行申报所属员工的个税,与分公司自行发放工资的操作一致,在实际取得的工资的申报期限内进行申报即可。只是分公司账上作为往来款项进行记录。
总公司贷方分公司工资时,计入到其他应收款科目即可,其分录为,
借:其他应收款—分公司,
贷:银行存款。
作为分公司,则计入到其他应付款科目,其分录为,
借:应付职工薪酬—工资,
贷:其他应付款—总公司。
根据《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》(国家税务总局公告2016年第42号),实行查账征收的居民企业和在中国境内设立机构、场所并据实申报缴纳企业所得税的非居民企业向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时,应当就其与关联方之间的业务往来进行关联申报,这里说的是有关联交易的查账的关联企业申报,或是有国别通俗说是境外业务或企业的情况下报送。根据文件理解是分公司不用申报,但实务中存在独立核算的税务管理的分公司,此类情况建议询问下税局。
两边协商就好,支付方代扣代缴个税,一般是劳务关系所在处缴纳社保。现行企业所得税实行法人税制,企业应以法人为主体,计算并缴纳企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的,应当汇总计算并缴纳企业所得税”。最后都汇总到总公司计算所得税,再分配到分公司缴纳。