总公司和分公司的资金往来计入到内部往来科目。内部往来是指总部与分支机构之间的往来交易。是企业与内部所属各个独立核算的单位之间，或各内部独立核算单位彼此之间，由于工程价款结算、产品、作业和材料销售、提供劳务等作业所发生的各种应收、应付、暂付、暂收的往来款项。
总公司和分公司可以独立核算的，双方独自核算即可。 独立核算单位一般应同时具备以下条件：
(1)、具有法人地位的经济单位；
(2)、有完整的会计工作组织体系；
(3)、独立编制财务收支计划和资金平衡表，自行计算盈亏。
资金往来时：
借：其他应收款-分公司，
贷：银行存款 。
分公司收到资金的时候：
借：银行存款，
贷：其他应付款-总公司。
计提工资、社保费用：
借：管理费用、销售费用，
贷：应付工薪酬。
支付社保：
借：应付工薪酬/其他应收款，
贷：银行存款/其他应收款。
支付工资：
借：应付工薪酬，
贷：银行存款/其他应收款。
对于分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。计税时，分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率。分公司作为独立纳税人，经营期间形成的年度亏损在确定总公司的年度应税所得时不能抵减，其注销前形成的累计经营亏损在总公司账面反映为无法收回的其他应收款或应收账款。总机构、分支机构不在同一征收区域的商业企业，不论其何时开业，一律按属地原则征税。跨征收区域的商品调拨，按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条“视同销售”处理。同一征收区域内的总机构、分支机构可以汇总纳税，也可分别纳税。
总公司与分公司之间的借款往来计入到内部往来科目。内部往来是指总部与分支机构之间的往来交易。是企业与内部所属各个独立核算的单位之间，或各内部独立核算单位彼此之间，由于工程价款结算、产品、作业和材料销售、提供劳务等作业所发生的各种应收、应付、暂付、暂收的往来款项。
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