分公司的发票抬头能在总公司入账吗（合同由总公司签署发票由分公司开是否可以）

分公司的发票抬头应当在分公司入账核算，而不是把分公司的发票抬头在总公司入账核算的。分公司的发票抬头是不能在总公司入账核算的。确定取得的发票在哪个主体（是分公司还是总公司）核算，就是根据取得的发票抬头来确定的。

合同由总公司签署发票由分公司开是否可以

总公司的合同分公司开票和收款是不合理的，合同名字，付款单位和发票开具单位三者一致才好避免税务风险，如果与总公司签订的合同上有一条上写明了由分公司开发票并收款，总公司也写了授权委托，委托分公司给对方开发票和收款的话，虽然不提倡这种做法，但是如果当地税务机关默许的话，也是可以的。

分公司发票如何在总公司抵扣

总公司和分公司作为增值税链条上的独立纳税人,应当根据税收法律法规,独立核算和纳税申报,总公司与分公司的业务往来也应当独立作价并开具发票,以分公司名义取得的进项抵扣凭证不能在总公司做进项抵扣。

已办理正式税务登记的分支机构符合条件的,可申请登记为一般纳税人。

根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)规定:

纳税人购进货物或应税劳务,支付运输费用,所支付款项的单位,必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致；才能够申报抵扣进项税额,否则不予抵扣。

分公司能否代表总公司起诉

根据《民事诉讼法》第49条的规定，法人依法设立并领取营业执照的分支机构可以作为独立的民事诉讼主体。根据《公司法》第l4条规定，有限责任公司可以设立分公司，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。