《国家税务总局关于进一步落实税收优惠政策、促进农民增加收入的通知》（国税发[2004]13号 ）的规定：对专营种植业、养殖业、饲养业和捕捞业的个体工商户或个人，凡其经营项目属于农业税、牧业税征税范围且已征收农业税、牧业税的，对其所得不再征收个人所得税的政策，提高了个人、个体工商户和销售农产品的个体工商户的增值税和营业税起征点，明确了取消农业特产税后，对减征、免征农业税或牧业税地区的个人或个体工商户从事种植业、养殖业、饲养业和捕捞业且经营项目属于农业税（包括农林特产税）、牧业税征税范围的，其取得的上述所得暂不征收个人所得税。
农民个人没有发票，单位收购农产品就需要具有开具收购发票的资格。倒开发票。如果单位这个资格，可以抵扣。
〈国家税务总局关于加强农产品增值税抵扣管理有关问题的通知〉规定：农产品收购企业向农民个人收购免税农产品的，可自行开具收购发票，向其他单位和个体经营者收购的，必须按规定向售货方索取发票。农产品收购发票，只限本县(市、区)范围内开具;设区的市是否可以市区跨区开具使用发票，由所在市国税局确定。具体事宜请咨询主管税务机关。
收购农产品要上增值税，农业产品增值税税率已由17%调整为13%。农业生产者销售的自产农业产品是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品；对上述单位和个人外购农业产品，以及单位和个人外农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
开票流程；
1、增加需要收购的农产品商品编码。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具。
2、在“发票管理-发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目，则需要到主管税务机关进行申请。
3、其中购买方为开具收购发票的企业，销售方为销售农产品的农户。销售方信息处，名称填写农户身份证上的姓名，纳税识别号填写身份证号码，地址电话、开户行及账号如实填写。收购发票打印出来之后，在盖章处加盖开具收购发票的企业的发票专用章。
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