员工离职，需要在个税系统【人员信息】界面双击要修改的人员名字，将“人员状态”修改为“非正常”，然后填写“离职日期”后保存就可以了。
如果员工离职后补发工资，原单位也需要为员工预扣预缴个人所得税的。具体操作为将“人员状态”修改为正常，税款所属期选择为实际发放工资的月份，填写报表进行申报。
员工自动离职后，用人单位应该支付工资。但是，如果劳动者自动离职给用人单位造成的损失，用人单位可以单独起诉劳动者要求该劳动者承担。如果用人单位拒绝支付工资，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付其应得的工资报酬。
【法律依据】
《劳动法》第九十一条规定，用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
员工离职后用人单位无故拖欠工资的，劳动者可以向各地劳动执法部门举报，劳动部门的执法监察人员会帮助协调解决；也可以到各地的劳动争议仲裁机构去申请仲裁，如果对仲裁不服，也可以到人民法院起诉、强制执行。
【法律依据】
《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
纳税人年度中间更换工作单位的，在原单位任职、受雇期间已享受的专项附加扣除金额，不得在新任职、受雇单位扣除。原扣缴义务人应当自纳税人离职不再发放工资薪金所得的当月起，停止为其办理专项附加扣除。
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