已认证的发票做确认的方法：先作为正常发票申报抵扣，然后走冲红重开程序即可。发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。收据才是收付款凭证，发票只能证明业务发生了，不能证明款项是否收付。
1、如果想要将已认证的发票冲红，首先先与销售方取得联系，在你购买方的开票机系统里做1份红字发票申请单。
2、然后做好了的申请单还需申请单导出，导出到桌面并拷到U盘；
3、然后把原来有误的发票发票联及抵扣联原件及复印件，该发票的记帐凭证复印件及原件，付款给销售方的记帐凭证原件及复印件，有该有误发票的认证清单；
4、最后把以上的所有纸质的复印件加盖单位的公章，写上与原件一致字样。
已认证的发票，不符合作废的条件，也不能作废，可以按国家税务总局公告2016年47号开具红票的规定处理。.用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符（国家税务总局另有规定的除外）。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的。
已认证已抵扣的发票可以进入开票系统-红字发票申请单-申请单填开-红字发票申请单信息选择-选购买方-选已抵扣-确定；就可以冲红了。然后，带上原件与复印件和U盘到税务局，税务局会开给你正式的负数发票通知单，把该通知单给销售方，他就可以开具负数发票了，再重新开一份正确的发票。
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