原则上已经认证的发票不允许对方作废。但是实际上有时候在沟通不畅的时候，会出现一方认证一方作废重开的情形。处理办法是，认证方做进项税转出即可。但是发票不能退给对方，对方作废之后没有作废发票在手边，对于税务的发票专项检查需要出具说明。因此这需要购销双方功能协调。当然还可以让销售方次月开红字发票的方式处理。这种方式非常规范，但是稍稍有点麻烦而已。
《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第二十条规定，同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
2、销售方未抄税并且未记账；
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
该规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。因此，增值税专用发票开错后，尚未收回发票的抵扣联和发票联不可以作废。
认证过的发票不再符合作废条件，不能作废。
【法律依据】
<关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知>第二十条，同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
（二）销售方未抄税并且未记账；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
发票需要认证是因为认证是核实过程，作用是保障相关群体的利益。如果拿到增值税假发票，那对方肯定没有交销项税额，而公司却可以抵扣进项税额，国家因此而受损失，对正常纳税者来说也极不公平。
收到的进项红字发票，是不需要认证的。
进项红字发票的账务处理是，
借：应付账款等科目，
贷：库存商品或原材料，
应交税费—应交增值税（进项税额）。
在纳税申报的时候，按正数进项发票减去负数进项发票之后的税额申报可以抵扣的进项税额。
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