选择差额纳税的，按照简易计税方法适用5%征收率的，代发工不需要缴纳增值税。文件依据：
财政部 国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知 财税〔2016〕47号
一、劳务派遣服务政策
一般纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照一般计税方法计算缴纳增值税；也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
小规模纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税；也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
如果是小规模纳税人，增值税=不含税收入*征收率。如果是一般纳税人，增值税=销项税额—进项税额。城建税=增值税*7%或5%；教育费附加=增值税*3%；地方教育费附加=增值税*2%；企业所得税利润总额的25%，如果符合小型微利企业条件，应纳税所得额低于100万，税率是 5%，应纳税所得额在100万到300万之间是10%。
劳务派遣企业从事劳务派遣业务取得的收入应按“服务业———其他服务业”税目征收营业税。劳务派遣企业收取价款时开具服务业发票。劳务派遣企业向用工单位收取全部价款（包括代收转付给被派遣劳动者的工资、社会保险费和住房公积金）应全额开具服务业发票，支付给被派遣劳动者的工资、社会保险费和住房公积金在同一张发票中备注说明。
劳务派遣公司随意克扣工资的处理方式是可以到单位所在地的劳动监察部门去投诉，投诉无果的，可以收集相关证据以及准备起诉状进行起诉处理。
【法律依据】
根据《劳动合同法》第六十条，劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。
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