软件企业的主营业务成本有研发部门的人员工资和所有与研发有关的软硬件支出都可以计入主营业务成本，因为软件开发公司的主要成本就是技术人员工资成本，主营业务成本主要包括软件产品制作的直接成本，比如光盘，生产费用，外加工费用，包装费用等。
对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按规定的税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3％的部分实行即征即退政策。软件企业退税的条件是：
1、是一般纳税人，
2、销售其自行开发生产的软件产品，
3、实际税负率超过了3%。
1、营业税：税率3%。
2、城建税：按营业税的5%计税。
3、教育费附加：按营业税的3%计税。
4、企业所得税：按调整后利润总额计算纳税额。税率：3万元（含3万元）以下税率18%，3万--10万元（含10万元）税率27%,10万元以上33%。
5、房产税。
6、城镇土地使用税：按实际占用土地面积计算。税率:大城市0.5元至10元；中等城市0.4元至8元；小城市0.3元至6元。
7、车船使用税：车船使用税是以应税车船为征税对象的计量标准为计税依据，实行定额征收。
8、印花税：印花税共有13个税目，如：购销合同、建筑安装工程承包合同、借款合同、营业帐簿等。税率分为;(1)比例税率：万分之0.5、万分之3、万分之5、千分之1。
9、代扣代缴的个人所得税：计税依据工资、薪金。
系统软件的成本有如下的项目：
1、硬件购置费如计算机及相关设备的购置，不间断电源、空调器等的购置费；
2、软件购置费，如操作系统软件、数据库系统软件和其它应用软件的购置费。
3、人工费，主要是开发人员、操作人员、管理人员、的工资福利费等；
4、培训费、通讯费，如购置计算机网络设备、通讯线路器材、租用公用通讯线路等的费用；
5、基本建设费，如新建、扩建机房、购置计算机机台、机柜等的费用；
6、财务费用，管理费用如办公费、差旅费、会议费、交通费；
7、材料费，如打印纸、包带、磁盘等的购置费；
8、水、电费； 专有技术购置费、其它费用，如资料费、固定资产折旧费及咨询费。
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