分公司分为独立核算的分公司和非独立核算的分公司，无论是独立核算还是非独立核算的分公司只要是有独立经营的业务，都应该设立独立的会计核算帐套，非独立核算的分公司是为了便于经营管理，独立核算是税收征管法的要求。独立核算、非独立核算的区别主要在企业所得税的计算上，独立核算分公司在分公司汇算清缴企业所得税，非独立核算分公司在总公司汇算清缴企业所得税。
付款股本至分公司做账方法：借：银行存款；贷：实收资本(按表决权份额)；贷：资本公积——资本溢价(超出表决权份额)。
投资者以现金投入的资本，应当以实际收到或者存入企业开户银行的金额作为实收资本入账，实际收到或存入企业开户银行的金额超过其再该企业注册资本申所占的份额的部分，记入资本公积。
分公司利润亏损总公司做账：借：银行存款；贷：其他应付款-总公司只能这样挂账，一直到分公司还款冲掉其他应付款为止。
亏损总额是“利润总额”的对称。企业一定时期的销售收入及其他收入不足以弥补其销售成本及其他支出的差额。由于我国销售税金不是按盈利计征，而是按营业总额计征，企业可能在销售过程中就发生了亏损。因此亏损总额为销售亏损与营业外净支出(营业外支出扣减营业外收入)之和。企业的亏损可分为经营性亏损与政策性亏损两种类型。由于企业经营管理不善造成的亏损，属于经营性亏损。对经营性亏损，国家不予弥补。
总公司与分公司之间的借款往来计入到内部往来科目。内部往来是指总部与分支机构之间的往来交易。是企业与内部所属各个独立核算的单位之间，或各内部独立核算单位彼此之间，由于工程价款结算、产品、作业和材料销售、提供劳务等作业所发生的各种应收、应付、暂付、暂收的往来款项。
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