企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
差额征税基本会计分录：
借：应收账款，
贷：主营业务收入，
贷：应交税费-应交增值税（销项税）
同时，允许差额征税的成本发票为原始凭证入账做会计分录：
借：应付账款，
贷：主营业务成本，
贷：应交税费-应交增值税（销项税抵减）。
根据《关于印发〈营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定〉的通知》规定 ：对于允许从销售额中扣除相关费用的，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额， 应在“应交税费-应交增值税”科目下增设“销项税税额抵减”专栏；企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额。
此外还有《财政部关于印发的通知》（财会〔2016〕22号）规定：
（一）企业发生相关成本费用允许扣减销售额的账务处理。按现行增值税制度规定企业发生相关成本费用允许扣减销售额的，发生成本费用时，按应付或实际支付的金额，借记“主营业务成本”、 “存货”、“工程施工”等科目，贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等科目。待取得合规增值税扣税凭证且纳税义务发生时，按照允许抵扣的税额，借记“应交税费-应交增值税（销项税额抵减）” 或“应交税费-简易计税”科目（小规模纳税人应借记“应交税费-应交增值税”科目），贷记“主营业务成本”、“存货”、“工程施工”等科目。
（二）金融商品转让按规定以盈亏相抵后的余额作为销售额的账务处理。金融商品实际转让月末，如产生转让收益，则按应纳税额借记“投资收益”等科目，贷记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目；如产生转让损失，则按可结转下月抵扣税额，借记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目，贷记“投资收益”等科目。交纳增值税时，应借记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。年末，本科目如有借方余额，则借记“投资收益”等科目，贷记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目。
纳税人行开具增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能开票。录入含税销售额（全部价款和价外费用）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为分开。
目前适用差额征税的行业主要有以下这些方面：
1、金融商品转让；
2、经纪代理服务；
3、融资租赁和融资性售后回租业务；
4、航空运输企业；
5、一般纳税人提供客运场站服务；
6、旅游服务；
7、建筑服务；
8、房地产开发企业；
9、销售不动产；
10、劳务派遣服务；
11、转让2016年4月30日前取得的土地使用权；
12、人力资源外包服务；
13、物业管理服务中收取自来水水费；
14、安全保护服务；
15、境外单位通过教育部考试中心及其直属单位在境内开展考试；
16、纳税人提供签证代理服务；
17、代理进口免征进口增值税货物；
18、航空运输销售代理企业提供境外航段机票代理服务，
19、航空运输销售代理企业提供境内机票代理服务。
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